Diego fue recibido como hermano lego en los franciscanos frailes menores de la observancia, en Arruzafa, Córdoba (España). Hoy se encuentra en el lugar el parador de Arruzafa.
En 1441 fue enviado de misionero a las Islas Canarias donde ejerció en el convento de Arrecife como portero. Los hermanos de la comunidad llegaron a pensar que su generosidad era excesiva. En 1445 lo nombraron guardián del convento de San Buenaventura en Fuenteventura. El nombramiento era algo excepcional por tratarse de un hermano lego.
Fue de peregrino a Roma con ocasión del jubileo del 1450 y de la canonización de Bernardino de Siena ese año. Una epidemia azotó la ciudad de Roma. San Diego sirvió de enfermero de convento de Ara Coeli durante tres meses. Muchos se sanaron milagrosamente.
Otro milagro fue la curación de un niño que se había quedado dormido dentro de un horno, el cual, al ser encendido, le causó graves quemaduras. Tras la intercesión del santo, el niño apareció sin quemaduras. San Diego solía atribuir los milagros a la Santísima Virgen María.
De regreso en España, lo asignaron al convento de Santa María de Jesús en Alcalá de Henares (1456) donde ejerció como portero y jardinero por siete años, hasta su muerte el 12 de Noviembre de 1463. La infección de su cuerpo emitía una milagrosa fragancia y su cuerpo estuvo incorrupto, no sufrió rigor mortis y continuó exudando fragancia.
San Diego vivió entre los mas humildes pero muerto fue visitado por los mas poderosos. Cardenales, reyes y príncipes acudieron ante sus restos. Enrique IV de Castilla vino a pedirle la curación de Beltraneja. Felipe II llevó el cuerpo de San Diego al palacio para pedirle la curación de su hijo que se había accidentado. Le milagro sería de la curación del príncipe carlos sería introducido en el proceso de canonización e inmortalizado por Lope de Vega.
Sus restos se encuentran en la catedral de Alcalá de Henares, en una urna de plata. Su cuerpo incorrupto se expone cada año el 13 de noviembre.
Canonizado en 1588, San Diego fue el único santo canonizado por Sixto VI.
Polémica del toponímico: Fray Diego siempre llevó en vida el nombre de su humilde pueblo, llamándose Fray Diego de San Nicolás. Con ese nombre se le conoce en la bula de su canonización. Sin embargo en el santoral apareció como San Diego de Alcalá.
En nombre de San Diego los franciscanos establecieron una misión en el sur de California que dio nombre a la ciudad que creció junto a ella.
